O Programa de Engenharia Química (PEQ), idealizado, criado e conduzido ao longo da sua primeira década de existência pelo Professor Alberto Luiz Coimbra, teve seu início em 1963, dentro da Divisão de Engenharia Química do Instituto de Química da, então, Universidade do Brasil, da qual era diretor. Só em 1965 começou um outro Programa de Pós-Graduação em Engenharia, o de Engenharia Mecânica, em conjugação com a Escola de Engenharia. Nesse ano as atividades a cargo do Professor Alberto Luiz Coimbra, com a supervisão dos Professores Athos da Silveira Ramos (criador - em 1962 - e Presidente do Instituto de Química ) e Raymundo Moniz de Aragão (Diretor de Ensino Superior do Ministério de Educação e Cultura), tomaram forma administrativa, criando o Reitor Pedro Calmon a Coordenação dos Programas de Pós-Graduação de Engenharia (COPPE ).

O esquema inicial para a implantação desse primeiro programa resultou de viagem de uma comissão, credenciada pela Congregação da Escola de Química da Universidade do Brasil, aos Estados Unidos, em dezembro de 1960. As visitas efetuadas às Universidade de Houston , Rice, Califórnia (Los Angeles e Berkeley ), Stanford, Cal. Tech., Minnesota, Michigan e MIT, mostraram a importância dos cursos de pós-graduação no preparo de pesquisadores, professores e engenheiros criadores e, também, o efeito benéfico que os cursos de pós-graduação têm nos cursos de formação, tornando-os atualizados.

Esse esquema preliminar foi apresentado ao seminário "Reforma Universitária e o Ensino da Engenharia", conduzido pelo Clube de Engenharia do Rio de Janeiro, em dezembro de 1961. Em agosto de 1961 vieram ao Rio de Janeiro, com o patrocínio da Organização dos Estados Americanos (OEA), os Diretores das Escolas de Engenharia das Universidade de Houston e Texas.

Estes, em conjunto com professores da Escola de Química e da Escola de Engenharia, estabeleceram um plano para um curso de pós-graduação em Engenharia Química e Mecânica que foi apresentado ao coordenador brasileiro do Ponto IV pelos Diretores das Escolas de Química e Engenharia da Universidade, em outubro de 1961.

Com a criação do Instituto de Química e seu funcionamento em fevereiro de 1962, esta entidade, que congrega as Cadeiras de Química e Engenharia Química das Escolas de Química, Engenharia, Medicina, Farmácia e Filosofia da Universidade do Brasil, ficou à testa do Curso, através de sua Divisão de Engenharia Química.

Poucos meses antes do início do curso, em julho e agosto de 1962, com o objetivo de chamar a atenção para o Programa a se iniciar no ano seguinte, foram ministrados cursos curtos e intensivos sobre diversos assuntos da Engenharia Química, tais como camada limite, turbulência , escoamento através de meios porosos e programação para computadores digitais. Estes cursos foram apoiados em conjunto pela OEA, o Instituto de Química, a Universidade de Houston e o CNPq, tendo sido ministrados pelos Professores Frank M. Tiller, Abraham E. Duckler e Elliott I. Organick , todos da Universidade de Houston.

Em l963, auxílios da OEA e da Fundação Rockefeller permitiram a vinda dos Professores Donald L. Katz (Univ. Michigan) , Louis Brand (Univ. de Houaston), Frank M. Tiller (Univ. de Houston) , Ernest J. Henley (Stevens Tech), Raymond Fahien (Univ. da Florida) e Cornelius J. Pings (Cal. Tech.) os quais, juntamente com os Professores Alberto Luiz Coimbra, Affonso Silva Telles, Giulio Massarani , Nelson Castro Faria e Augusto L. Zamith, deram início formal ao Programa de Engenharia Química.

Outros professores externos que naqueles anos iniciais colaboraram com a consolidação do PEQ foram Morton P. Moyle, Angus R. Cumming, John A. Howell, Charles G. M. Slesser, Peter J. Foster, George Marshall, Schuichi Alba, Rubens S. Ramalho e Geoffrey T. Clegg. Esses professores prestaram sua assistência técnica por períodos de 3 a 12 meses.

A criação do PEQ coincide com a expansão da indústria química no Brasil, em particular com a do sistema estatal (Petrobras e suas coligadas). Assim sua vocação natural foi a de privilegiar a análise e o projeto de equipamentos e de processos, sendo que o destino dos mestres formados foi a capacitação destas empresas e das de projeto. A expansão do sistema universitário e das instituições de pesquisas representaria novo mercado para os diplomados e ajudaria a catalisar o curso de doutorado na década de 70.

Essa primeira pós-graduação em engenharia química teve uma história de sucesso. Os primeiros anos foram de dificuldades e trabalho. Muitas dessas dificuldades foram criadas por aqueles que, por diversos motivos, não aceitam as novidades e que, no caso, só entendiam ou apoiavam uma linha tradicional de educação. Outras estavam associadas a problemas econômicos e de infra-estrutura. Esta situação foi melhorando a partir de 1965, quando a COPPE começou a receber o apoio do Banco de Desenvolvimento Econômico.

A primeira turma era formada por oito alunos - Gileno Amaral Barreto, Walmir Gonçalves Túlio Bracho Henrique, Jair Augusto de Miranda, Carlos Augusto Guimarães Perlingeiro, Paulo Ribeiro, Nelson Trevisan, Edgard Souza Aguiar Vieira e Liu Kai - cabendo a Nelson Trevisan a honra de defender a primeira Tese de Mestrado, no dia 29 de janeiro de l964. O título foi "Adsorção Física: Teoria e Modelo" e seu orientador o Prof. Augusto Zamith. Até o mês de maio desse ano tinham sido defendidas as teses dos outros sete alunos dessa primeira turma.

A primeira tese de doutorado foi defendida por Saul Gonçalves D'Avila , em 12 de novembro de 1971, sob o título de "Oxidação Catalítica de Crotonaldeído a Anidrido Maleico" e a orientação do Prof. Maury Saddy.

A evolução foi consistente ao longo do tempo, sendo que até o início dos anos noventa a ênfase no mestrado era clara, inclusive como preferência nacional. Nessa época houve uma significativa mudança de rumo, catalisada fortemente pelos órgãos responsáveis pela política científica do país, colocando um peso bem maior na formação de doutores. Em  1980 o Programa de Engenharia Química tinha diplomado 157 mestres e 12 doutores. Em 1990 esse números eram, respectivamente, 308 e 25.

O reconhecimento da excelência do PEQ se oficializaria com a implantação do sistema de avaliação da Capes que, a partir de 1976, analisa o desempenho dos cursos de Pós-Graduação do país; desde então, o PEQ tem mantido o conceito máximo para os cursos de mestrado e doutorado. Até meados de 2001, formou mais de 540 mestres e 150 doutores, muitos dos quais ocupam funções de liderança em empresas e instituições de ensino e pesquisa espalhadas praticamente por todo o país. Em 2001, em termos das recentes reformulações da avaliação CAPES, implantadas a partir de 1998, o PEQ ainda obteve o único conceito 7 ( excelência máxima em padrão internacional) de todos os cursos de engenharia química do Brasil e um dos quatro distribuídos entre todas as engenharias. A produtividade científica do Curso (que tem 16 docentes) pode ser ilustrada pelos índices recentes do último triênio (1999-2001), quando se registram 2,7 publicações em periódicos internacionais/ano/docente e formação de 15 mestres/ano e 16 doutores/ano.